Обыкновенную чесночницу иногда поедают рыбы (Esox lucius и Perca fluviatilis), взрослые зеленые лягушки (Rana lessonae и R. ridibunda), но гораздо чаще змеи (Natrix natrix, N. Tesselata и Vipera ursinii). Многие птицы — тоже враги обыкновенной чесночницы: Coracias garrulus, Corvus corone, Pica pica, Lanius cristatus, Phasianus colchicus, Ardeapurpurea, Botaurus stellaris, Ciconia ciconia, Gris gris, Nycticorax nycticorax, Ixobrychus minutus, Egretta alba, Burhinus oedicnemus, Falco vespertinus, Butastur indicus, Milvus korschun, Strix aluco, Bubo bubo, Tyto alba и Athene noctua. В диетах некоторых птиц (Burchinus oedicnemus, Ciconia ciconia, Ardea cinerea и Egretta garzetta), чесночница составляет до 24-30 %. По-видимому, ее реже поедают хищные млекопитающие: Desmana moschata, Erinaceus europaeus, Talpa europaea, Lutra lutra, Martes foina, M. Martes, Meles meles, Mustela eversmanni, M. putorius, M. vison, Nyctereutes procyonoides, Vulpes vulpes и Vulpes corsak. Известен каннибализм в форме личинка-личинка.
Паразиты весьма разнообразны. Monogenoidea: Polystoma integerrimum; Cestoda: Nematotaenia dispar; Trematoda: Echinochasmus beleocephalus, Halipegus kessleri; Diplodiscus subclavatus, Astiotrema monticelli, Opisthioglyphe ranae; Paralepoderma cloacicola, Encyclometra colubrimurorum, Pleurogenes claviger, Candidotrema loossi, Pleurogenoides medians, P. stromi, Prosotocus confusus, Strigea strigis, S. sphaerula, Neodiplostomum spathoides, Alaria alata; Acanthocephala: Centrorhynchus aluconis; Nematoda: Rhabdias bufonis, Rh. mbrovenosa, Oswaldocruzia filiformis, Aplectana acuminata, Cosmocerca ornata, Cosmocercoides pulcher, Neoxysomatium brevicaudatum, Paraplectana kutassi, Ascarops strongylina; Hiradinea; личинки Diptera. Однако неизвестны виды гельминтов, специфичные для обыкновенной чесночницы. Трематоды заражают чесночницу гораздо сильнее, чем других сухопутных животных. Это может быть связано с длительным личиночным периодом и зимовкой головастиков в стоячих водоемах. Иногда особей после метаморфоза поражают паразитические личинки мухи Lucilia bufonivora. Найдены также несколько видов простейших — паразитов и комменсалов.
Влияние антропогенных факторов
Обыкновенна чесночница чувствительна к качеству воды и структуре почвы. Загрязнение водоемов промышленными отходами, пестицидами, минеральными удобрениями, скотом, домашними отходами и т.д. опасно для ее головастиков. Другие типы деятельности человека (разрушение лугов, особенно скотом, урбанизация, рекреация, открытые колодцы в местах концентрации чесночниц и т.д.) также имеют отрицательные последствия. Например, разрушение заливных лугов в одном пункте Белгородской области повлекло полное исчезновение чесночницы на протяжении 6 лет. В некоторых местах рыбаки используют головастиков чесночницы как наживку, или же выбрасывают ее на сушу.
С другой стороны, некоторые типы деятельности человека ведут к локальному расселению чесночницы (прокладка просек в лесах, создание ирригационных каналов и т.д.). Чесночница живет в поселках и даже в крупных городах там, где есть подходящие биотопы.
