Обыкновенная жаба (Bufo bufo), болотная черепаха (Emys orbicularis),> змеи (Natrix natrix, N. tessellata, вероятно, Coronella austriaca) и птицы (Anas platyrrhinos, Chlidonias hybrida, Ch. nigra, Nycticorax nycticorax, Ardea purpurea, Ciconia ciconia и С. nigra) известны как враги гребенчатого тритона. В неволе отмечен каннибализм в форме личинка-личинка. Интродуцированные рыбы сильно сократили многие, популяции этого вида.
Известны следующие паразиты: Cestoda: Batrachotaenia karpathica; Trematoda: Halipegus ovocaudatus, Diplodiscus subclavatus, Astiotrema trituri, Opisthioglyphe ranae, Paralepoderma cloacicola, Pleurogenes claviger, Pleurogenoides medians; Nematoda: Thominx (?} filiformis, Chabaudgolvania terdentatum, Aplectana acuminata, Cosmocerca longicauda и Hedruris androphora.
Влияние антропогенных факторов
В связи с высокой чувствительностью к качеству воды, популяции гребенчатого тритона сокращаются и исчезают под влиянием антропогенных факторов быстрее, чем популяции других симпатрических видов земноводных. Соответственно, промышленное загрязнение воды, разрушение и осушение водоемов представляют наибольшую опасность для Т. cristatus в Советском Союзе. Влияние таких природных факторов, как зарастание, обмеление и эвтрофикация водоемов особенно опасно в городских биотопах и около границ ареала, где популяции изолированы. Видимо, популяции гребенчатых тритонов сильнее страдают от интродуцированных рыб, чем популяции других земноводных: их пелагические личинки более доступны для хищных рыб, чем бентосные или фитофильные личинки других Caudata. Кроме того, гребенчатые тритоны более сходны с рыбами в предпочтении чистых прудов и озер, чем другие лимнофильные земноводные. Хищная рыба Perccottus glehni, завезенная из бассейна р. Амур в Московскую обл., вызвала общее сокращение местных популяций Т. cristatus в течение последних 30 лет. Отрицательную роль играют также уничтожение лесов, урбанизация, пестицидное загрязнение, расчистка прудов, сбор для торговли и бессмысленное уничтожение людьми.