У прудовой лягушки и ее головастиков много естественных врагов: щука (Esox lucius), лягушки (Rana lessonae и R. ridibunda), пресмыкающиеся (Emys orbicularis, Natrix natrix и N. tessellata), водные и хищные птицы (Anasplatyrrhinos, Ciconia ciconia, Crex crex, Egretta garzetta, Ardea cinerea, Botaurus stellaris, Ixobrychus minutus, Chlidonias leucoptera, Lams ridibundus, Lanius cristatus, Aquila pomarina, Buteo buteo, Milvus korschun, Butastur indicus и Bubo bubo), а также млекопитающие (Ondatra zibethica, Lutra lutra, Mustela lutreola, Mustelaputorius, M. vison и Nyctereutes procyonoides). Лягушка — один из основных компонентов пищи N. natrix и Mustelidae. Доля этого вида в диете утки (Anas platyrhinchus) достигает 25 %. Обычен каннибализм в формах личинка-личинка, личинка-яйцо и взрослый-сеголеток.
Фауна паразитических гельминтов очень богата. Trematoda: Goigodera cygnoides, G. loossi, G. microovata. G. pagenstecheri, G. varsoviensis, Goigoderina vitelliloba, Cathaemasia hians, Halipegus ovocaudatus,H. kessleri,Diplodiscus subclavatus, Haplometra cylindracea, Opisthioglyphe ranae, Paralepoderma cloacicola, Pneumonoeces asper. P. namchangensis, P. variegatus, Skrjabinoeces similis, S. volgensis, Encyclometra colubrimurorum, Pleurogenes claviger, Brandesia turgida, Candidotrema loossi, Pleurogenoides medians, P. stromi, Prosotocus confusus, Strigea stiigis, S. sphaerula, S.falconis, Codonocephalus urnigerus, Alaria alata, Neodiplostomum spathoides, N. major, Tylodelphys excavata, T clavata; Acanthocephala: Acanthocephalus ranae, Centtvrhynchus aluconis; Nematoda: Rhabdias bufonis, Oswaldocruzia filiformis, O. iwanitzkyi, Aplectana acuminata, Cosmocerca (?) commutata, C. ornata, Neoxysomathtm brevicaudatum, Neoraillietnema praeputiale, Oxysomatium longispiculum, Thelandms tba, Icosiella neglecta. В связи с водным образом жизни, особенно характерны трематоды (как и для Rana ridibunda). Иногда на лягушек нападают пиявки (Hirudinea).
Из аномалий известны полимелия и полидактилия.
