Система кровообращения амфибий претерпевает значительные изменения в период метаморфоза из личиночной стадии во взрослую. У личинок амфибий только одно предсердие и один желудочек, как у рыб, однако в процессе превращения развивается внутрипредсердная перегородка, а сосуды жабер перестраиваются в соответствии со взрослым способом дыхания (легочному, кожному или жаберному). В полостях сердца формируются гребни, функционально разделяющие кровь, что ограничивает смешивание крови из системного и легочного кровотока. Трехкамерное сердце амфибий — это преимущества для безлегочных видов, а также важная адаптация к периоду спячки.
Кровь из сосудов задней части тела поступает в печень через портальную вену, что может оказывать эффект на фармакокинетику препаратов, выводимых печеночной фильтрацией. Это отличает амфибий от рептилий, у которых кровь из задней части тела поступает в почки через их воротную систему.