Болотная черепаха населяет лесные, лесостепные и степные районы, где живет в болотах (отсюда и русское название), плавнях, старицах, прудах, озерах, реках, каналах. Как правило, избегает рек с сильным течением, предпочитая равнинные водоемы с отлогими берегами и растительностью. На юге Крыма встречается в горных реках с быстрым течением и водопадами. В горы не поднимается выше 1000м (в Сицилии до 1400 м, а в Морокко до 1700 м). На суше черепахи держатся вблизи водоема, но могут иногда удаляться от него до 500 м. В Азердбайджане в Мильской степи были однажды найдены в 7 - 8 км от воды.
Животные активны днем и в сумерки. Черепахи быстро плавают, хорошо ныряют и могут подолгу оставаться под водой. Часто выходят на берег (по земле передвигается не так быстро, как в воде), и могут часами лежать неподвижно, греясь под солнечными лучами. При опасности сразу бросаются в воду и закапываются на дне.
После зимней спячки черепахи появляются, когда температура воды равна 5 - 10 С. Они отмечены в март в Азердбайджане и Туркмении, в марте-апреле в Закарпатье и в Предкавказье, апреле-мае в Волжско-Камском крае. Спаривание происходит как на суше, так и в воде. Болотная черепаха откладывает яйца на берегу водоема в ямку в виде кувшина с широким горлом глубиной 10—17 сантиметров, которую роет попеременно задними ногами, предварительно расчистив площадку с помощью передних конечностей и головы. Процесс рытья может занимать один-два часа. Яйца откладываются порциями, с небольшим интервалом, после чего ямка засыпается. Самка откладывает от 3 до 13 яиц один—три раза за сезон, в зависимости от района. Яйца белые, эллипсоидные, покрыты известковой оболочкой. Длина их 28—39 миллиметров, ширина — 12—21 миллиметр. Через 60—110 суток из яиц появляются молодые черепашки, долгое время не выходящие из своих ямок. Большая часть молодняка не показывается на поверхности до следующей весны, а зарывается глубже и проводит зиму под землей. Длина карапакса новорожденных животных 22—25 миллиметров. У черепахи, как и у некоторых других пресмыкающихся, существует температурное определение пола: если яйца инкубируются при температуре выше +30°С, в них развиваются только самки, а при температуре ниже +27°С — только самцы. Половозрелости черепахи достигают в возрасте 5—8 лет, когда длина карапакса становится равной 9—12 сантиметрам.
Состав кормов у черепах весьма разнообразен, но преимущественно животного происхождеия. На берегу они кормятся кивсяками, мокрицами, а также саранчовыми, жуками и другими насекомыми. В воде ловят насекомых, ракообразных, моллюсков, головастиков и лягушек, реже рыбу, главным образом снулую или мальков; могут поедать трупы водоплавающих птиц. Свой корм черепаха добывает в основном на суше и значительно реже — в воде. Она отыскивает пищу в опавшей листве, под ветвями, в траве или же ловит проползающих мимо насекомых. Рыба не является для черепахи основным кормом (хотя и существовало мнение о преимущественном питании рыбой). Поэтому вряд ли можно говорить о вреде, наносимом черепахой рыбному хозяйству, тем более что животному при всей его «ловкости» удается схватить обычно больную или раненую рыбу. В поисках пищи черепаха пользуется не только зрением, но и хорошим обонянием: в аквариуме, например, легко находит по запаху кусочки мяса, завернутые в бумагу. У самого берега она питается также и подводными частями растений (водоросли, высшие водные и околоводные растения). Откусив стебелек хвоща или камыша под водой, черепаха высовывает голову на поверхность, съедает его и опускается за следующей порцией. Часто вылезает на берег со своей добычей.
На кладки нападают различные животные. Основными разорителями их гнезд являются лисицы и енотовидные собаки, а также выдры и вороны.
На зимовку уходит в конце октября—начале ноября, а в теплые годы может быть активна и зимой. Зимний период проводит на дне водоема, зарывшись в ил. Продолжительность активного периода в разных частях ареала неодинакова и зависит от климатических факторов.
Болотная черепаха - в целом нередкий вид, хотя численность его по видимому, сокращается; например, в Центрально-Черноземном районе России этот вид стал весьма редок. Встречается на территории многих заповедников. Вид включен в приложение II Бернской Конвенции, а также в список МСОП (категория низкого риска), и охраняется во многих странах Европы. Он занесен в Красные книги Белоруссии, Латвии, Литвы и Армении. В Красных книгах бывшего СССР, России и других республик не значится.
