Кожа крокодилов всех видов состоит из отдельных грубых чешуй, скрепленных соединительной тканью. Кожа головы сращена с подлежащими костями черепа. Хотя некоторые чешуи могут покрывать одна другую, все вместе они образуют единый эпидермис. На спине чешуи заострены и укреплены костными пластинками – остеодермами.
Каждый вид имеет различия в форме чешуй, что особенно заметно на голове непосредственно за затылочной областью и вокруг носа. На хвосте имеется два ряда треугольных чешуй, к середине хвоста сливающихся в один. Два вида кайманов и четыре вида крокодилов имеют костные пластинки внутри чешуй живота.
С внутренней стороны нижней челюсти имеются две железы неясного назначения. Также есть две запаховые железы в клоаке, имеющие важное значение в период размножения и, предположительно, для самообороны.
В коже крокодилов есть большое количество пигментных клеток — хроматофоров. Цвет кожи варьируется от черного и серого до светло-коричневого или зеленоватого в зависимости от вида. Живот и бока обычно светлее, чем спина. У молодняка иногда заметны более светлые поперечные полосы по основному фону, которые с возрастом исчезают. Кожные осязательные органы имеются в чешуях всех представителей семейства крокодилов и гавиалов, но отсутствуют у аллигаторов.
