Самки
Парные яичники расположены впереди почек. Каждый яичник закреплен на брыжейке и представляет из себя плотную плоскую спиралевидную железу, внутренняя часть которой состоит из соединительной ткани, кровеносных и лимфатических сосудов, гладкой мускулатуры и нервных волокон. Яйцевод состоит из воронки (мышечной части), перешейка и маточной части. Воронка снабжена альвеолярными железами и покрыта реснитчатым эпителием. Маточная часть состоит из столбчатого эпителия с мышечными волокнами и железистой тканью. Яйцеводы у крокодилов длинные, что позволяет сохранять в них большое количество яиц. Яйцеводы открываются рядом друг с другом на вентральной стенке прокотодеума непосредственно перед клитором, который по внешнему виду напоминает половой член, только меньшего размера.
Самцы
Семенники — это длинные тонкие железы, покрытые толстой оболочкой и прикрепленные связкой к боковой поверхности почек. Они расположены по обеим сторонам задней полой вены. Семяпроводы выходят из задней части семенника и открываются в клоаке в основании полового члена, который имеет открытый желоб, служащий проводником для сперматозоидов. Во время спаривания половой член лишь незначительно увеличивается в размерах, поскольку состоит в основном из хрящевой ткани с небольшим количеством пещеристого тела, расположенного в основном по бокам желоба.
