Большая часть видов ящериц — четвероногие пресмыкающиеся, тело которых покрыто роговой чешуей или разнообразными по форме щитками. Среди современных представителей подотряда широко представлены формы как с хорошо развитыми пятипалыми конечностями, так и лишенные их; между этими крайними вариантами имеются более или менее ступенчатые переходы, причем утрата конечностей обычно сопровождается значительным удлинением туловища. У видов, лишенных конечностей, всегда сохраняются рудименты грудины или других костей переднего пояса. Мочевой пузырь обычно имеется. Передняя часть мозговой коробки окостеневает не полностью. Правая и левая ветви нижней челюсти соединены друг с другом неподвижно. Имеется одна (верхняя) височная дуга, образованная чешуйчатой, залобной или заглазничной костями. У некоторых ящериц, например, у некоторых видов семейства сцинковых, эта дуга непосредственно прилегает к теменной кости, вследствие чего верхневисочное отверстие может отсутствовать; у некоторых других, например, у всех гекконовых височной дуги нет вовсе, заглазничная же дута обычно развивается. Крыловидные кости спереди соединены с небными, которыми они, таким образом, отделены от сошника. Черепной столбик (columella cranii) у большинства ящериц имеется, однако у некоторых агамовых ящериц он сильно редуцирован, а у хамелеонов и ряда безногих форм отсутствует. Квадратная кость, как правило, подвижна. Зубы прикрепляются к наружному краю челюстей (акродонтные), или располагаются с их внутренней стороны (плевродонтные). Часто зубы имеются также на небных, крыловидных и некоторых других костях.
Особенности чешуйчатого покрова ящериц имеют большое значение при определении их таксономической принадлежности. Чешуя туловища у большинства групп значительно отличается по своей форме, строению и величине; у некоторых форм она более или менее однородна. Спинные чешуи бывают гладкими, бугорчатыми, коническими, ребристыми и т. д. Очень мелкие чешуйки называются зернышками, крупные — щитками.
Значительного разнообразия по форме, величине и расположению достигают щитки на голове, где каждый из них имеет собственное название. У некоторых видов шов отделяет от туловища ряд увеличенных чешуи — воротник, впереди от которого располагается более или менее выраженная поперечная горловая складка. У ряда видов ящериц, кроме крупных щитков, на голове имеются мелкие чешуйки, расположенные между верхнересничными и надглазничными, лобным и надглазничным, а также спереди и сзади надглазничных. В других случаях голова покрыта сверху многочисленными мелкими неправильно-многоугольными щиточками или чешуйками.
У некоторых ящериц чешуи спины по форме и размеру почти не отличаются от брюшной, но у большинства нижняя поверхность туловища покрыта увеличенными щитками. На груди щитки располагаются обычно треугольником или в ином порядке, брюшные же образуют, как правило, более или менее правильными ряды, параллельные или несколько наклонные по отношению друг к другу.
Перед клоакальной щелью у многих ящериц лежит заднепроходный, или анальный, щиток, впереди которого иногда есть сравнительно большой преданальный; мелкие щитки, среди которых выделяются два более крупных, непосредственно примыкающие к анальному, называются околоанальными.
Представители некоторых семейств на нижней поверхности бедер имеют особые образования, так называемые бедренные поры; каждая пора прободает одну чешуйку, а все они на обеих задних конечностях сгруппированы в ряд, расположенный вдоль бедер. Из бедренных пор в период размножения выделяются столбики ороговевших клеток, роль и значение которых не вполне ясны. Были высказаны предположения о том, что поры выделяют особый секрет, по запаху которого особи разных полов распознают друг друга. У некоторых ящериц имеются так называемые заднепроходные, или анальные, поры, которые являются продолжением бедренных в нижней части брюха; у немногих видов есть только короткий ряд заднепроходных пор. У гекконов развиты также заднеклоакальные поры, расположенные по одной с каждой стороны нижней поверхности основания хвоста; отверстие такой поры ведет в небольшой мешочек, в передней стенке которого, преимущественно у самцов, лежит маленькая изогнутая косточка.
Хвостовые чешуи расположены более или менее неправильными косыми рядами, либо сгруппированы в поперечные ряды (кольца), в свою очередь, образующие сегменты. В ряде случаев в качестве признака, позволяющего определить вид ящерицы, используется число чешуи вокруг девятого-десятого кольца. Отсчет колец следует вести на нижней поверхности хвоста от первого ряда крупных нижнехвостовых чешуи, расположенного непосредственно за мелкими чешуйками предклоакальной складки.
По степени развития бедренных и заднепроходных пор у многих ящериц фауны России и сопредельных стран можно определить пол. Легче всего это можно сделать у гекконов, у самок которых поры развиты значительно слабее или не развиты вовсе. Определение же пола у большинства других видов ящериц требует некоторой практики и навыков. Так, у самцов ящериц семейства Lacertidae и особенно рода Lacerta, бедренные поры развиты лучше, чем у самок и имеют несколько иную форму, занимая почти всю чешуйку, в которой прорезана каждая отдельная пора. У агам таких пор нет, но у некоторых из них, а особенно у видов рода Laudakia, развиты так называемые преанальные и брюшные мозолистые образования, представляющие собой эпидермальные голокринные железы, которые обычно лучше выражены у самцов. Существуют и другие вторично половые признаки, которыми можно пользоваться при определении пола, не прибегая к вскрытию. Так, основание хвоста у самцов довольно постепенно утончается по направлению назад, тогда как у самок этот переход выражен значительно резче. У ряда видов наблюдаются половые различия в окраске.
Многие ящерицы, будучи схвачены, отбрасывают свой хвост. Восстановленный (регенерированный) хвост обычно легко узнать по несколько отличной чешуе, а также часто и по цвету регенерированной части.
Подотряд ящериц делится на около 20 семейств, которые объединяют более 4300 современных видов, относящихся к примерно 400 родам.
В фауне России и сопредельных стран встречается 99 видов, относящихся к 6 семействам (Гекконы — Gekkonidae, Агамовые — Agamidae, Варановые — Varanidae, Веретенициевые — Anguidae, Сцинковые — Scincidae, Настоящие Ящерицы — Lacertidae) и 22 родам.
