Озерная лягушка содержит самую богатую фауну паразитических гельминтов из всех земноводных СССР. Monogenoidea: Poly stoma integerrimum; Cestoda: Nematotaenia dispar, Mesocestoides sp.; Trematoda: Gorgodera cygnoides, G. asiatica, G. dollfusi, G. loossi, G. media, G. pagenstecheri, G. varsoviensi, D. merai, Astiotrema monticelli, Dolichosaccus rastellus, Haplometra cylindracea, Opisthioglyphe ranae, Gorgoderina orientalis, G vitelliloba, Cathaemasia hians, Psilochasmus sp., Halipegus ovocaudatus, H. kessleri, Diplodiscus subclavatus, P. intermedins, Brandesia turgida, Candidotrema loossi, Pleurogenoides medians, P. stromi, Paralepoderma cloacicola, Pneumonoeces asper, P. variegatus, Skrjabinoeces similis, S. breviansa, S. volgensis, S. donicus, S. minimus, Cephalogonimus retusus, Encyclometra colubrimurorum, Pleurogenes claviger, Prosotocus confusus, Strigea strigis, S. falconis, S. sphaerula, Codonocephalus urnigerus, Alaria alata, Neodiplostomum spathoides, N. major, Tylodelphys excavata, Holostephanus volgensis; Acanthocephala: Acanthocephalus lucii, A. ranae, Pseudoacanthocephalus bufonis, Centrorhynchus aluconis, Sphaerirostris teres, Macracanthorhynchus cafulinus; Nematoda: Eustrongylides excisus, Histrichis tricolor, Rhabdias bufonis, Strongyloides sp., Oswaldocmzia filiformis, Contracaecum longicaudatum, Amplicaecum sp., Aplectana acuminata, A. multipapillosa, Cosmocerca (?) commutate, С ornata, Neoxysomatium brevicaudatum, Neoraillietnemapraeputiale, Oxysomatium longispiculum, Paraplectana miranda, Thelandros tba, Gnathostoma hispidum, Spiroxys contortus, Ascarops strongylina, Physocephalus sexalatus, Agamospirura sp., Foleyella duboisi, Icosiella neglecta. Преобладание трематод среди гельминтов связано с полуводным образом жизни озерной лягушки. Кроме гельминтов, у нее найдены многочисленные Infusoria, Gregarina и Microfilaria, а в качестве эктопаразитов — Hirudinea.
Известны аномалии окраски и внутренних органов, опухоли и аномалии конечностей (олигодактилия, полидактилия, эктродактилия, полимелия и т.д.). В некоторых популяциях (особенно в биотопах, нарушеных человеком) частота этих аномалий возрастает. Например, до 30 % метаморфизирующих личинок и особей старших возрастов из окрестностей г. Алма-Ата имели дополнительные конечности.
