Филогенетически гребенчатые тритоны (надвид Triturus cristatus) близки к Triturus alpestris и Т. vittatus, с которыми они образуют группу тритонов с крупным телом (подрод Triturus).
Раньше считалось, что Triturus cristatus включает 4 подвида: Т. cristatus cristatus, T. cristatus dobrogicus, Т. cristatus karelinii и Т. cristatus carnifex. В настоящее время они рассматриваются как отдельные виды надвида Triturus cristatus, и видовое название Triturus cristatus (sensu stricto) относится к прежнему номинативному подвиду. В СССР обитает 3 вида гребенчатых тритонов; Т. cristatus, Т. dobrogicus и Т. karelinii. Установлено, что все они изолированы друг от друга географически. Даже между географически близкими Т. cristatus и Т. dobrogicus не обнаружено гибридной зоны. Различить эти два вида из соседних популяций бывает трудно, и тогда необходим биохимический анализ. Этот анализ показал, что некоторые карпатские популяции, ранее относимые к Т. dobrogicus, или предполагаемые гибриды этого вида и Т. cristatus, в действительности относятся к виду Т. cristatus.
В некоторых работах, опубликованных в Российской Империи в XIX в., гребенчатых тритонов путали с мраморным тритоном (Triturus marmoratus) — скорее всего потому, что некоторые из них напоминают взрослых мраморных тритонов, изображенных в работах П.А. Латрейля по французским тритонам и саламандрам. Эти работы были хорошо известны в России.
