Все крокодилы — хищники. Их пищеварительная система состоит из ротовой полости, ротоглотки, пищевода, желудка, тонкого и толстого кишечника, прямой кишки и клоаки.
Зубы конической формы, имеют одинаковый размер во всей ротовой полости. Каждый зуб находится в кармане челюсти и крепится к ней при помощи соединительной ткани. Продолжительность жизни одного зуба крокодила в среднем составляет два года, у старых животных этот процесс может занимать больше времени вплоть до полного прекращения роста новых зубов. Зубы крокодилов предназначены для захвата и удержания жертвы, а не для пережевывания.
Язык прикреплен к нижней челюсти на всем протяжении. Его задний край приподнят и вместе с небной занавеской отделяет ротовую полость от глотки, тем самым позволяя крокодилу открывать рот под водой без риска захлебнуться. Глотают крокодилы, подняв голову вверх. Язык не участвует в продвижении еды в пищевод. Пищевод крокодилов представляет из себя растяжимую трубку со множеством продольных складок слизистой оболочки.
Желудок крокодилов морфологически и функционально делится на две части — тело и пилорическую часть. Тело желудка сходно с мышечным желудком у птиц и содержит железы, секретирующие слизь, способствующую продвижению пищевого комка. Толстый мышечный слой и губкообразная ткань стенки желудка вместе с содержащимися в нем гастролитами (камнями) способствуют размельчению пищи и продвижению ее в пилорический отдел. У всех крупных крокодилов, пойманных на воле, в желудке обнаруживаются камни. Желудочный сок крокодилов имеет очень кислую реакцию, что способствует перевариванию разнообразного органического материала. Тонкий кишечник отделен от желудка толстым пилорическим сфинктером.Среди всех позвоночных, желудочный сок крокодилов имеет самую кислую реакцию, что позволяет им эффективно переваривать непрожеванную пищу. Ионы хлора, входящие в состав хлорида натрия, из плазмы крови поступают в желудок для продукции большого количества соляной кислоты. В результате, содержание свободных катионов натрия в плазме крови повышается, и они вступают во взаимодействие с находящейся там же углекислотой, образуя бикарбонат натрия, что, в свою очередь приводит к метаболическому алкалозу. Этот эффект в свое время послужил основанием для предположений, что крокодилы могут менять реакцию плазмы крови в зависимости от условий среды. На самом деле, алкалоз в данном случае напрямую связан с пищеварением.
Аппетит крокодилов напрямую зависит от температуры окружающей среды. Оптимальной для эффективного пищеварения является температура 25-35оС, более высокая и более низкая – ведет к стрессу и отказу от пищи.
Тонкий кишечник удерживается на брыжейке, в которой также находятся селезенка и конец подвздошно-прямокишечного сфинктера. Толстый кишечник короткий, но в толщину в два раза больше тонкого. От тонкого кишечника его отделяет подвздошно-прямокишечный сфинктер, а от клоаки – анальный. Печень состоит из двух долей, к ней примыкает желчный пузырь. Три печеночных желчных протока объединяются в один общий. Анальное отверстие открывается в клоаку, куда также выходят протоки мочевой и половой систем. Клоака делится на три камеры: копродеум, или передний отдел, куда опорожняется толстый кишечник и где накапливаются фекалии; уродеум, средний отдел, в который выходят протоки выделительной и половой систем; и проктодеум, задний отдел, служащий местом накопления фекалий и мочи перед опорожнением.