Ноздри всех крокодилов располагаются на возвышении на конце морды и могут закрываться мышечными заслонками, когда животное погружается под воду. У крокодилов развито вторичное костное небо, внутренние отверстия ноздрей открываются поблизости от голосовой щели, которая продолжается в глотку. Клапанообразные выросты ткани на верхней и нижней части рта перед внутренними отверстиями ноздрей и голосовой щелью позволяют разграничить горло от ротовой полости при погружении, что позволяет крокодилам открывать рот под водой. Длинный носовой ход над небом позволяет воздуху проходить через два отверстия носовых хоан и поступать в трахею и легкие. Крокодил может дышать через ноздри, даже когда его рот открыт и заполнен водой, которая в этом случае может быть проглочена, но не может попасть в легкие.
Дыхательная система крокодилов типична для большинства рептилий. Хорошо развитые легкие расположены в грудной полости. При погружении воздух длительное время удерживается в легких при помощи клапана голосовой щели. Легкие не делятся на доли и опутаны густой сетью кровеносных сосудов. Каждое легкое замкнуто в грудной полости и имеет большую поверхность для газообмена. Дыхание осуществляется посредством межреберных мышц и диафрагмы. Нет единого мнения о том, как долго крокодилы могут оставаться под водой, поскольку на продолжительность этого периода влияют размеры и возраст животного, температура воды и воздуха, количество пищи в желудке и скорость обмена веществ.
Крокодилы хорошо приспособлены к водному образу жизни. Они могут плавать, оставляя на поверхности только ноздри и глаза. Частота и глубина дыхательных движений усиливаются при повышении активности и скорости обмена веществ. Например, американский аллигатор в покое при температуре 28оС совершает 3 дыхательных движения в минуту.
