Череп крокодилов удлиненный и состоит из 30 объединенных между собой костей. Все крокодилы имеют длинный, уплощенный череп, разной формы и размера в зависимости от вида. Зубы на верхней и нижней челюсти имеют открытые корни и удерживаются в особых углублениях при помощи соединительной ткани. Суставы верхних и нижних челюстей находятся на самом заднем конце черепа, что позволяет крокодилам широко открывать рот. Мышцы, открывающие челюсти — сжиматель нижней челюсти и грудиночелюстная мышца — довольно слабо развиты, в результате чего удерживать закрытым рот крокодила сравнительно несложно. Мышцы, закрывающие челюсти — височная и крыловидная внутренняя и наружная — напротив, очень сильны, и закрывают челюсти с большим давлением. У взрослых животных попытки открыть рот, следовательно, могут быть опасными. Даже в течение 24 часов после смерти крокодила при открывании рта височная и крыловидные мышцы стимулируются, и челюсти захлопываются с огромной силой.
Позвоночник крокодилов насчитывает 60-70 позвонков: 8-9 шейных, 10-11 грудных, 4-5 поясничных, 32-42 хвостовых и 2-3 крестцовых. Между шейными, грудными и поясничными позвонками нет четких различий, поэтому их количество определяется примерно. У крокодилов имеет 8 пар истинных и 8 пар брюшных ребер — кожных костей в брюшной стенке, лежащих поверх прямой брюшной мышцы. Так называемые крестцовые ребра — это крупные кости, которые соединяются суставами с поперечными отростками крестцовых позвонков. Среди специалистов нет единого мнения, являются ли они истинными ребрами или утолщенными поперечными отростками. Они не срастаются с позвоночником, и по этой причине их обычно называют ребрами. Тазовый пояс состоит из короткой подвздошной, широкой лонной и короткой широкой седалищной костей. Передние и задние конечности крокодилов морфологически сходны с конечностями млекопитающих и крепятся к поясам конечностей аналогичным образом. Бедренная кость длиннее плечевой, в результате чего задняя часть тела располагается выше передней. На передних конечностях по пять пальцев, внутренние три из которых снабжены когтями. Задние конечности имеют по четыре пальца с перепонками, на внутренних трех из которых также есть когти.
