Внешний вид. Мелкие ящерицы длиной тела не более 6,0 см и длиной хвоста не более 8,5 см. Очень близок к Phrynocephalus versicolor и Phrynocephalus guttatus.
Окраска. По сравнению с пестрой круглоголовкой отмечено отсутствие у зайсанской красных подмышечных пятен. Молодые особи хорошо отличаются от остальных видов интенсивно-оранжевой окраской нижней стороны хвоста.
Систематика вида. В течение долгого времени это видовое название рассматривалось как синоним Phrynocephalus versicolor. В настоящее время его валидность восстановлена, хотя видовая самостоятельность этой круглоголовки некоторыми исследователями подвергается сомнению. Как узкоареальный малоизученный вид внесена в Красную книгу Казахстана.
Распространение. Вид распространен только в Зайсанской котловине, встречается только в юго-западной, северной и восточной части побережья озера Зайсан. В Буконьских песках и пустыне Айгыркум известны изолированные популяции этого вида.
Местообитания. Зайсанская круглоголовка живет на полузакрепленных кустарниково-дерновинно - злаковых барханно-бугристых песках с достаточно обширной площадью открытых песчаных пространств на аллювиальной террасовой равнине долины реки Черный Иртыш. Обитает преимущественно в межбарханных понижениях, у основания больших барханов с примесью щебня и гальки, поросших полынью, эфедрой, терескеном, чингилем, джузгуном и кандымом. Встречается на такырах и засоленных почвах. Успешно осваивает обсыхающее дно озера Зайсан, проникая вглубь по навеянному песку с редкой растительностью. Вид с высокой плотностью, до 86,6 экз./га. Активность дневная, как и у всех агамовых ящериц.
Активность. Летом активны в течение всего светлого времени суток, остаются на поверхности до наступления сумерек. Активны до середины октября. Как и другие виды круглоголовок, обладают богатым набором демонстративных ритуалов, включающих в себя закручивание хвоста. В случае опасности приникают к субстрату, забиваются под кустики, в норку или погружаются в песок путем боковых движений туловища. Хорошо лазают по кустикам не выше 25-30 см.
Размножение. Роют норы длиной 28 см и глубиной от 10 до 23 см, встречаются в норах грызунов (иногда совместно с прыткой ящерицей и разноцветной ящуркой). Половозрелость наступает на втором году жизни. В кладке 1-3 яйца, самки откладывают яйца, вероятно, в конце июня. Выход молодых происходит со второй декады июля до середины сентября. Размер тела новорожденных ящериц 23-29 мм, длина хвоста 32-53 мм.
Численность и природоохранный статус. Как узкоареальный малоизученный вид (II категория) внесен в Красную книгу Казахстана. Планируется охрана этого вида в создаваемом Зайсанском заповеднике.
Сходные виды. Очень сходен с пестрой круглоголовкой и круглоголовкой-вертихвосткой, различаясь лишь комплексом признаков окраски и элементов щиткования. Как и вертихвостка, зайсанская круглоголовка приурочена к участкам песков с редкой растительностью, не встречаясь в щебнистых пустынях.